根據(jù)海關(guān)系統(tǒng)管理體制，馬鞍山海關(guān)為正處級隸屬海關(guān)，由合肥海關(guān)領(lǐng)導(dǎo)。馬鞍山海關(guān)在編職工22人（其中交流出1人，交流進1人）實有21人，男職工15人，女職工6人,黨員15人，大專以上學(xué)歷占90%。

內(nèi)設(shè)一室兩科：辦公室、業(yè)務(wù)一科、業(yè)務(wù)二科。業(yè)務(wù)轄區(qū)為馬鞍山市和當涂縣，監(jiān)管場所包括外貿(mào)碼頭和海關(guān)查驗場。馬鞍山海關(guān)認真貫徹落實“依法行政、為國把關(guān)、服務(wù)經(jīng)濟、促進發(fā)展”海關(guān)工作方針和“政治堅強，業(yè)務(wù)過硬，值得信賴”12字隊伍建設(shè)要求，認真履行海關(guān)職責，依法治稅，強化監(jiān)管，從嚴治關(guān)，各項工作穩(wěn)步發(fā)展。未來的歲月里，馬鞍山海關(guān)將在上級海關(guān)的領(lǐng)導(dǎo)下，地方政府的支持配合下，牢固樹立科學(xué)發(fā)展觀和正確的政績觀，本著“公正執(zhí)法，和諧共贏”的理念，按照“為國把關(guān)、服務(wù)崛起”的要求，進一步抓好保持共產(chǎn)黨員先進性教育整改工作，鞏固先進性教育的成果，深化改革，求實創(chuàng)新，開拓進取，努力構(gòu)建和諧海關(guān)。